Molecule

Wandbの3D分子データのクラス。

Molecule(
    data_or_path: Union[str, 'TextIO'],
    caption: Optional[str] = None,
    **kwargs
) -> None

引数
data_or_path	(string, io) ファイル名またはioオブジェクトから分子を初期化できます。
caption	(string) 表示用の分子に関連付けられたキャプション。

メソッド

from_rdkit

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@classmethod
from_rdkit(
    data_or_path: "RDKitDataType",
    caption: Optional[str] = None,
    convert_to_3d_and_optimize: bool = (True),
    mmff_optimize_molecule_max_iterations: int = 200
) -> "Molecule"

RDKitがサポートするファイル/オブジェクトタイプをwandb.Moleculeに変換します。

引数
data_or_path	(string, rdkit.Chem.rdchem.Mol) ファイル名またはrdkit.Chem.rdchem.Molオブジェクトから分子を初期化できます。
caption	(string) 表示用の分子に関連付けられたキャプション。
convert_to_3d_and_optimize	(bool) 3D座標を持つrdkit.Chem.rdchem.Molに変換します。これは複雑な分子の場合、長時間かかる可能性のある高価な操作です。
mmff_optimize_molecule_max_iterations	(int) rdkit.Chem.AllChem.MMFFOptimizeMoleculeで使用する反復回数。

from_smiles

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@classmethod
from_smiles(
    data: str,
    caption: Optional[str] = None,
    sanitize: bool = (True),
    convert_to_3d_and_optimize: bool = (True),
    mmff_optimize_molecule_max_iterations: int = 200
) -> "Molecule"

SMILES文字列をwandb.Moleculeに変換します。

引数
data	(string) SMILES文字列。
caption	(string) 表示用の分子に関連付けられたキャプション。
sanitize	(bool) RDKitの定義による化学的に妥当な分子であるかをチェックします。
convert_to_3d_and_optimize	(bool) 3D座標を持つrdkit.Chem.rdchem.Molに変換します。これは複雑な分子の場合、長時間かかる可能性のある高価な操作です。
mmff_optimize_molecule_max_iterations	(int) rdkit.Chem.AllChem.MMFFOptimizeMoleculeで使用する反復回数。

クラス変数
SUPPORTED_RDKIT_TYPES
SUPPORTED_TYPES