Molecule

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Wandb クラスは 3D 分子データ用です。

Molecule(
    data_or_path: Union[str, 'TextIO'],
    caption: Optional[str] = None,
    **kwargs
) -> None
Args
data_or_path (string, io) Molecule はファイル名または io オブジェクトから初期化できます。
caption (string) 表示用の分子に関連付けられたキャプション。

メソッド

from_rdkit

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@classmethod
from_rdkit(
    data_or_path: "RDKitDataType",
    caption: Optional[str] = None,
    convert_to_3d_and_optimize: bool = (True),
    mmff_optimize_molecule_max_iterations: int = 200
) -> "Molecule"

RDKit がサポートするファイル/オブジェクトタイプを wandb.Molecule に変換します。

Args
data_or_path (string, rdkit.Chem.rdchem.Mol) Molecule はファイル名または rdkit.Chem.rdchem.Mol オブジェクトから初期化できます。
caption (string) 表示用の分子に関連付けられたキャプション。
convert_to_3d_and_optimize (bool) 3D 座標を持つ rdkit.Chem.rdchem.Mol に変換します。これは複雑な分子の場合、時間がかかるため、高価な操作です。
mmff_optimize_molecule_max_iterations (int) rdkit.Chem.AllChem.MMFFOptimizeMolecule で使用する反復回数

from_smiles

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@classmethod
from_smiles(
    data: str,
    caption: Optional[str] = None,
    sanitize: bool = (True),
    convert_to_3d_and_optimize: bool = (True),
    mmff_optimize_molecule_max_iterations: int = 200
) -> "Molecule"

SMILES 文字列を wandb.Molecule に変換します。

Args
data (string) SMILES 文字列。
caption (string) 表示用の分子に関連付けられたキャプション
sanitize (bool) RDKit の定義により、分子が化学的に妥当かどうかをチェックします。
convert_to_3d_and_optimize (bool) 3D 座標で rdkit.Chem.rdchem.Mol に変換します。複雑な分子の場合、時間がかかるため、高価な操作です。
mmff_optimize_molecule_max_iterations (int) rdkit.Chem.AllChem.MMFFOptimizeMolecule で使用する反復回数
クラス変数
SUPPORTED_RDKIT_TYPES
SUPPORTED_TYPES

最終更新 May 9, 2025