分子

GitHubでソースを見る

Wandbの3D分子データ用クラス。

Molecule(
 data_or_path: Union[str, 'TextIO'],
 caption: Optional[str] = None,
 **kwargs
) -> None

引数
data_or_path	(string, io) 分子はファイル名またはioオブジェクトから初期化できます。
caption	(string) 分子に関連付けられた表示用のキャプション。

メソッド

from_rdkit

ソースを見る

@classmethod
from_rdkit(
 data_or_path: "RDKitDataType",
 caption: Optional[str] = None,
 convert_to_3d_and_optimize: bool = (True),
 mmff_optimize_molecule_max_iterations: int = 200
) -> "Molecule"

RDKit対応のファイル/オブジェクトタイプをwandb.Moleculeに変換します。

引数	説明
data_or_path	(string, rdkit.Chem.rdchem.Mol) モLECULeはファイル名またはrdkit.Chem.rdchem.Molオブジェクトから初期化できます。
caption	(string) 分子に関連するキャプションを表示します。
convert_to_3d_and_optimize	(bool) rdkit.Chem.rdchem.Molを3D座標で変換します。これは複雑な分子の場合、長時間かかる可能性があるコストのかかる操作です。
mmff_optimize_molecule_max_iterations	(int) rdkit.Chem.AllChem.MMFFOptimizeMoleculeで使用する反復回数

from_smiles

ソースを表示（View source）

@classmethod
from_smiles(
 data: str,
 caption: Optional[str] = None,
 sanitize: bool = (True),
 convert_to_3d_and_optimize: bool = (True),
 mmff_optimize_molecule_max_iterations: int = 200
) -> "Molecule"

SMILES文字列をwandb.Moleculeに変換します。

引数
data	(string) SMILES文字列。
caption	(string) 分子表示に関連付けられたキャプション。
sanitize	(bool) RDKitの定義に基づいて、分子が化学的に適切であるかどうかを確認します。
convert_to_3d_and_optimize	(bool) rdkit.Chem.rdchem.Molに3D座標をもつものに変換します。これは複雑な分子の場合、処理が長時間かかることがある高コストな操作です。
mmff_optimize_molecule_max_iterations	(int) rdkit.Chem.AllChem.MMFFOptimizeMoleculeで使用する反復回数。
クラス変数

| :--- | :--- |

| SUPPORTED_RDKIT_TYPES | |

| SUPPORTED_TYPES | |